Les tours semblent plus petites qu'elle ne le sont réellement. L'intérieur, largement agrandi par des sortilèges d'extension, est principalement composé d'amphithéâtres dont tout un pan de mur est généralement réservé à un écran géant. Ici, la simplicité prime — toutes les classes d'un même niveau se retrouvent plus souvent que rarement réunies dans ces salles massives et à vrai dire, la rigueur peut aisément y sembler minime, tant les étudiants semblent libre d'écouter ou non, d'assister ou non. Les élèves qui se spécialisent en littérature, langues et sciences humaines échappent rarement à une réputation de flemmards, à tort pourtant : c'est bien là le piège de l'autonomie exigée d'eux. Les cours se déclinent principalement en interminables lectures, la culture générale est un incontournable, le travail personnel une institution. Au sein de ces classes aussi chargées qu'épurées, il n'est que trop aisé de se laisser charmer par l'apparente facilité, au risque de se retrouver complètement largué.

(gauche & droite) Les bâtiments dédiés aux sciences pures sont caractérisés par leurs murs intérieurs tous faits d'argile. Régulièrement, toutes sortes de problèmes, de calculs complexes et de questionnements s'y animent — les élèves qui le souhaitent sont conviés à y participer quand bon leur semble, ajoutant leur touche à un raisonnement à plusieurs, gommant les erreurs de jugement de leurs prédécesseurs, et contribuant tous progressivement à l'obtention du résultat escompté. Les salles de classe, d'apparence simple, sont ensorcelées dans le but de s'adapter aux demandes de l'enseignant. La salle d'astronomie, par exemple, prend bien souvent le décor d'une forêt ou clairière sous une voûte nocturne piquée d'étoiles, et les cours peuvent aussi bien être théoriques que pratiques — défi d'orientation à l'aide des astres, interprétation, TD axés sur la mécanique céleste, les lois de la magie, etc. Il n'est pas rare que les étudiants des différentes sections se retrouvent à collaborer le temps d'immenses jeux de rôle, tels que la simulation d'une catastrophe supposée détruire le monde ou la magie et nécessitant l'élaboration de solutions visant à l'éviter. Certaines promotions vont jusqu'à convier des élèves d'autres cursus (droit, notamment) afin d'ajouter à la théorie le réalisme et les limites de la réalité. Aux classes et laboratoires des tours s'ajoutent des espaces d'observations et expérimentations extérieurs, situés sur des pics plus éloignés de la montagne et réservés aux études de plus grande ampleur.

(centre) Le secteur des sciences juridiques et économagiques compte au nombre des plus respectés, prometteurs et sélectifs du monde sorcier. Filière prestigieuse par excellence, elle forme la future élite et les cursus qu'elle propose sont typiquement ceux que tout parent rêverait voir son enfant poursuivre. L'hégémonie des gobelins dans le monde de la finance et de la sécurité s'étant consolidée à travers le monde au fil des années, leur peuple est très impliqué dans la formation d'économagie prodiguée à Mahoutokoro. Les professeurs et intervenants sont donc tant sorciers que gobelins, et les critères n'en sont que plus élevés. L'aspect juridique implique quant à lui des intervenants de différentes natures : si les enseignants sont, cette fois, tous sorciers, les élèves sont confrontés à d'autres Êtres dans le cadre de mise en pratique. La tour réservée aux cours juridiques et économagiques reflète la beauté des banques et ministères sorciers : les salles de cours sont tout de marbre vêtues, leurs sols pavés de mosaïques et leurs plafonds ornés de lustres. Les pupitres des élèves sont alignés de part et d'autre des murs et, à l'extrémité, le bureau du professeur se dresse tel celui d'un juge. Les salles de pratique sont souterraines, dédale de galeries au creux de la montagne. On y trouve des coffres de banque fictifs criblés de sorts et accessibles via à un réseau de rails et de wagons, des salles d'audience réservées à des examens oraux et autres procès mis en scène — et bien d'autres encore.

(premier-plan) Ici la magie prend sens, elle prend vie, révèle ses plus beaux atouts et s'affine sous les baguettes et les doigts émerveillés d'étudiants de cursus variés. S'y tiennent les cours de Métamorphose, Sortilèges, DCFM et bien d'autres : on théorise la magie pour mieux en comprendre l'essence et la manipuler avec aise. Les salles de classe sont traditionnelles : flacons d'encres ensorcelées, kilomètres de parchemins noircis par les plumes qui s'agitent, étagères chargées d'objets mystérieux — pupitres alignés par trois, faisant face au professeur, ou expédiés le long des murs le temps des démonstrations et exercices pratiques. L'assiduité est exigée et contrôlée, et un devoir non rendu induit automatiquement un échec pour ces cours, en fin d'année.

(arrière-plan) Les cours théoriques axés sur les métiers du sport sont dispensés aux premier et deuxième étages du bâtiment. Le hall est divisé en gymnases couverts et en vestiaires. Les sports d'extérieur sont, quant à eux, pratiqués sur le terrain agencé à droite de l'édifice (soit derrière celui réservé à la magie pure) : pelouse ovale cerclée par une piste d'athlétisme et agrémentée de gradins accessibles en tous temps aux spectateurs. Le Quidditch est une exception : il bénéficie de son propre stade, sur un pic plus élevé.

Serpentant derrière les cascades de Mahoutokoro, un réseau secret de galeries s'ouvre sur la salle de bains des préfets, accessible depuis l'école par un tunnel dérobé. Bercée par le martèlement de la cascade toute proche, fond sonore hypnotique, la salle de bains est creusée à même la roche, jouissant d'une eau d'une pureté sans égale dans plusieurs bassins et cavités naturelles. Loin de la lumière du jour, ce souterrain pourrait paraître sinistre si les parois rocheuses n'étaient incrustées de milliers de cristaux, pierres luminescentes baignant la salle dans une lumière envoûtante. Constellé ainsi, le plafond de la caverne semble tapissé de larges aplats d'étoiles. Du reste, un sortilège avisé préserve la salle de bains des regards indiscrets, ne présageant d'extérieur qu'une cascade tranquille à même la paroi rocheuse.

C'est à l'écart du tumulte humain, sur un ilot au décor sauvage, qu'est préservée une grande partie de la flore et de la faune étudiées par les élèves de Mahoutokoro au fil des années. De grandes serres semi-ouvertes offrent un environnement et un climat idéaux à chacune des plantes magiques qui y sont cultivées : certaines prenant racine dans le sol, d'autres classées sur des tables et des étagères et d'autres encore, suspendues dans des bulles flottantes. Elles débordent jusqu'à des tunnels sous-terrains, pour préserver les espèces les plus fragiles, et sont bardées de sortilèges éloignant les insectes et autres nuisibles. Des plantes grimpantes s'épanouissent librement sur les parois du bâtiment, et un bassin au fond ensorcelé accueille de nombreuses espèces, qui s'en partagent l'eau : à la surface, des carpes gourmandes aux couleurs chatoyantes variant en fonction du temps s'approchent curieusement des mains des visiteurs et offrent un spectacle d'acrobaties à ceux qui les nourrissent. Des takurôbi et une portée de kabuso se montrent plus rarement. Une colonie de strangulots peu sympathiques nage entre deux eaux et un akkorokamui dort dans les profondeurs. Des suzuriishi reposent sur les rebords intérieurs du bassin — superbes coquillages iridescents incroyablement envoûtants, mais dont il ne faut pas céder à l'attrait : tenter de les dérober ou de les vider de leur eau déclenche un terrible orage et leur mauvais tempérament poursuit leur détracteur une semaine durant, en l'affublant d'un petit nuage furieux qui lui assène des éclairs, un crachin persistant ou des averses occasionnelles.